以下ネタバレ。
劇中ではネオが現実世界において機械を吹っ飛ばすシーンが出てきます。仮想現実の中では無敵というネット内弁慶だったネオたち。そんなネオが現実世界においても、無敵キャラになる。この出来事が暗示しているのはただひとつです。
要するに、現実世界もどこかのコンピュータ上で演算されている仮想現実なのでは? ってことです。ネオはマトリックスという仮想現実をハッキングすることでバトルしてきました。要するにネオはマトリックスというプログラムにとっては超悪性のウィルスだったのです。そのウィルス的能力が他のプログラムでも機能することだってありうるし、プログラムの壁を越えてより大きなプログラムを侵蝕することだってあるでしょう。ちょうど、ひとつのプログラムに感染したウィルスがOSごとぶっ壊すことがあるように。
仮想現実マトリックスで散々悪さをしたウィルスが、今度はより大きな仮想現実<ザ・ワールド>をハッキングする。つまり、ネオはハードウェアの壁を超えてソフトウェアを自在に操作するウィルスとなったのです。この展開は面白すぎる! SFファンの血が騒ぎます。